여주농업고등학교는 1945년 여주공립농업학교로 개교하였다. 1947년에는 6년제인 여주공립중학교로 변경되었다가 1951년 대대적으로 학제가 변경될 때 여주농업고등학교로 설립되었다. 1984년에 여주자영농업고등학교로 교명을 변경하고 특수목적고로 지정되었다.