고달사지는 2차에 걸쳐 발굴조사가 진행되었다. 1차는 1998년 7월부터 1999년 2월까지 진행되었고, 2차는 1999년 9월부터 2000년 6월까지 진행되었다. 그 결과 건물지 21개소, 담장석렬 2개소, 추정비각지(推定碑閣址), 추정석등지(推定石燈址), 추정석탑지(推定石搭址), 축대 3개소 등이 조사되었다. 그런데 이 유구들은 절터의 북쪽 부분에서 일부 중복된 흔적이 나타나고, 그 외에는 거의 중복되지 않는 것으로 확인되었다. 이것은 각 건물을 세울 때 이전에 있었던 건물을 완전히 없애버리고, 그 기와편과 돌은 그대로 사용하여 기초를 튼튼히 하였기 때문이었다. 또한 절의 영역이 뚜렷하게 구분되어 있었다. 곧 금당지 등 건물과 건물 사이에 축대가 위치하여 중심지역과 부속건물을 따로 세웠던 것이다.