여주의 초등학교와 분교장은 2003년 현재 모두 28개의 통학구역을 갖고 있는데, 이 가운데 초등학교와 분교장의 통학구역을 5개 가진 면은 능서·가남·북내면이고, 그다음은 흥천면(4개)이며, 통학구역을 3개 가진 읍·면은 여주읍, 점동·금사·대신면이다. 강천면은 2개, 산북면은 1개를 가지고 있다. 여주의 초등학교 통학구역은 여주시뿐만 아니라 인접한 이천시와 양평군의 일부 지역도 포함하고 있다.

다음으로 중학구는 모두 10개인데 여주·대신중학구에 2개의 학교가 입지하고 나머지 중학구는 남녀공학을 하는 하나의 학교만 각 학구에 입지하고 있다. 그리고 인접한 이천·광주시와 양평군의 일부 지역도 여주중학구에 포함되어 있다.