여주의 환경문제는 도시기반시설의 확충으로 환경기초시설의 확충이 필요하다. 이는 두 가지로 구상할 수 있는데, 하나는 안정적인 물 공급이고, 다른 하나는 하수처리시설의 확충이다. 안정적인 물 공급을 위해서는 상수도 보급률을 제고하고, 간이상수도 관리의 첨단화가 필요하다. 그리고 하수처리시설의 확충은 하수처리장의 확충, 마을 하수도 확대, 오염총량관리제 시행 등을 들 수 있다. 여주는 간이상수도에 대한 의존도가 높고 상수도 보급률은 높지 않으므로 상수도 보급률을 높이고 간이상수도에 대한 체계적인 관리시스템을 구축하여 안정적인 물공급사업을 시행하여야 할 것이다. 상수도 보급계획은 1999년 수립된 여주군 수도정비기본계획에 근거해야 할 것이다.

다음으로 하수처리시설의 확충사업은 팔당 상수원 수질개선을 위해서 여주시민들이 가장 시급한 사업으로 인식하고 있다. 이를 위해 하수도정비 기본계획을 수립하여 체계적으로 추진해야 하는데 이를 위해 수혜자부담원칙을 통해 여주시 지역주민들에 대한 보상차원에서 이루어져야 하며, 환경부와 서울시 등에서 적극 지원하여야 할 것이다. 또 음식물쓰레기 자원화시설의 효과적인 운영이 필요하다. 이를 위해 음식물쓰레기 반입료를 받아 악취제거, 부재료 구입비 등 시설운영 전반에 활용할 수 있도록 하여야 할 것이다.

마지막으로 오염총량관리제의 도입으로 팔당상수원의 보호를 위해 자연보전권역, 특별대책지역, 수변구역 등으로 묶여 있는 점이 지역발전의 가장 큰 장애요인이 될 수 있다. 오염총량관리제를 해결하기 위해서는 우선 인력이 부족하고, 또 이 제도가 주민에게 새로운 규제가 될 수 있다는 점, 그리고 여주 내 하천의 수질과 유량의 자료가 지속적으로 축적되지 않아 계획수립시 측정을 해야 하는 문제점이 있다.

마지막으로 여주는 지형적으로 평야지대에서 산지로 이어지기 때문에 군사훈련을 하기에 유리한 곳이며, 한강의 윤중도는 군 헬기장과 군사훈련장으로 이용되고 있다. 이러한 군사시설때문에 여주는 군사시설 보호구역으로 지정되었다. 이들은 모두 여주지역의 발전을 저해하는 요인으로도 작용하고 있으므로 이들 기능의 유지를 위한 중앙정부의 특별대책이 시급하다.