1894년(고종 31) 갑오경장 이후 법령에 의하여 변화된 여주시와 읍·면·동의 연혁을 살펴보면 다음과 같다.

1895년 5월 26일 칙령 제98호(1895.5.26 공포)로 충주부(忠州府)의 여주군이 되었고, 1914년 3월 1일 부령 제111호(1914.1.29 공포)로 부·군·면(府郡面) 통폐합 조치가 시행되어 기존 16면에서 10면(面)으로 개편되었다. 1941년 10월 1일 부령 제253호(1941.9.29 공포)로 여주면(驪州面)이 읍(邑)으로 승격, 1읍 9면이 되었고, 1963년 1월1일 법률 제1175호(1962.11.21. 공포)로 개군면(介軍面)이 양평군으로 편입되어 1읍 8면이 되었다. 1970년 12월 16일 군조례 제187호(1970.12.16 공포)로 금사면(金沙面) 산북출장소(山北出張所)가 설치되었으며, 그 후 1989년 4월 1일 군조례 제160호(1989.3.30 공포)로 금사면 산북출장소가 산북면(山北面)으로 승격되어 1읍 9면이 되었으며, 1992년 3월 2일 군조례 제1338호(1992.3.2 공포)로 북내면(北內面) 오학출장소(五鶴出張所)가 설치되어 1읍 9면 1출장소가 되었다.

2013년 9월 23일 여주군에서 여주시로 승격이 되면서 여주읍이 폐지되고 여흥동, 중앙동, 오학동 등 3개의 행정동이 생겨났다. 그리고 가남면은 가남읍으로 명칭이 변경되었다.