조선전기 여주의 군사·행정체계는 진관체제에 의해 운용되었는데, 그 내용을 경기도 육군의 진관편성표를 통해 살펴보면 아래와 같다.1)

즉 여주는 ‘이천·양근·지평·음죽·양지·죽산·과천’과 함께 광주진관(廣州鎭管)에 소속된 제진(諸鎭)의 하나로서, 여주목사가 동첨절제사를 겸임함으로써 군사와 행정을 함께 담당하고 있었다. 아울러 지휘계통은 ‘주진(主鎭)-거진(巨鎭, 진관)-제진’으로 되어 있었는데,2) 최고 상층부인 주진은 경기도 관찰사가 병사를 겸하였으며 여주 등 제진의 훈련과 지휘 등을 총괄하는 광주진관은 광주목사가 첨절제사를 겸임하였다. 이렇게 진관체제는 전국의 행정조직인 읍(邑)을 동시에 군사조직인 진(鎭)으로 편성하여, 각 읍의 수령에게 군사지휘관의 임무도 겸하게 함으로써 국가방위조직을 전국적으로 확대하고 일원화하려 한 것이었다.3) 평시(平時)에는 절제사(節制使)·첨절제사(僉節制使)가 진관의 최고 지휘관으로서 소속 읍의 군병 조련을 주관하고,4) 유사시(有事時)에는 진관에 소속된 읍의 군사를 집결시켜 주장(主將)의 명령을 받도록 함으로써, 비록 한 진관이 함락되더라도 다른 진관이 계속해서 방어함으로써 빠른 시간에 넓은 지역으로 적이 진출하는 것을 막는 특징이 있다.5) 따라서 진관체제는 군사와 행정을 일치시키면서 진관, 즉 거진 중심으로 훈련과 방어 등을 담당하는 제도이다.

이러한 진관체제는 군사와 행정을 일치시켜 일사분란한 지휘체계를 확립하고 별도의 군사지휘관 파견으로 인한 경제적 부담을 경감시킬 수 있지만, 수령 중 병법을 잘 모르거나 무재(武才)가 없는 경우 유사시 군사를 제대로 지휘하지 못하는 문제점이 있었다. 아울러 적이 대규모로 또는 상습적으로 침입하는 경우 각각의 진관을 따로 방어하기보다는 특정 지역에 병력을 집중시켜 방어하는 것이 필요하였다. 때문에 승리를 극대화시키기 위해 정부는 적이 상습적으로 또는 대규모로 침입하는 경우, 군사적 식견 및 경험이 뛰어난 군사지휘관을 중앙에서 파견하여 지방군 지휘관들과 함께 특정 지역을 집중적으로 방어하게 하였다. 그리하여 중앙 군사지휘관의 파견 및 분군법(分軍法) 그리고 특정 지역에 병력을 집중시켜 방어하는 것 등을 특징으로 하는 제승방략이 진관체제를 보완하기 위해 유사시의 방어전술로 새롭게 채택되었다.

그러나 1592년(선조 25) 임진왜란에서는 군역기피로 인한 군사력의 약화·일본군의 조총 전술·진관체제와 제승방략 문제점 등이 표출되어, 임진왜란 초기의 내륙 전투에서 조선군은 일본군에 크게 고전하게 된다. 그 결과 일본군은 1592년 4월 14일 부산을 침공한 후 불과 한 달 만에 한양·개성·평양 등을 함락시켰고, 조선정부가 6월 23일 의주까지 도피하도록 압박을 가하였다.6) 이에 정부는 그러한 문제점을 시정함으로써 일본군을 효과적으로 물리치기 위해 임진왜란 중에 군사 면에서의 개혁에 착수하게 된다. 즉 평양성 전투에서 일본군을 물리치는 데에 그 효용성이 입증된 명의 기효신서법을 도입하여 임진왜란 중인 1593년(선조 26) 중앙에 훈련도감(訓鍊都監)7)과 이듬해 지방에 속오군(束伍軍)을 창설하여,8) 포수(砲手)를 중심으로 삼수병(三手兵)을 육성함으로써 일본군의 조총 전술을 격퇴하려 하였다.9) 아울러 양(兩) 군영(軍營)의 편제도 기효신서법에 따라 영(營)-사(司)-초(哨)-기(旗)-대(隊)로 구성되었는데, 지방군의 경우 대체로 조선전기 진관에 해당되는 지역에 5~6개의 영(진영)10)을 둠으로써 특정지역을 집중적으로 방어하는 제승방략의 약점을 보완하였다. 더욱이 진영의 최고 책임자인 영장(營將)을 임명하여 군사임무를 전담시킴으로써, 진관체제처럼 수령이 군사와 행정을 겸임하므로 나타나는 문제점도 시정하려 하였다.

실제로 경기도에도 임진왜란 때 5개의 영이 기효신서법에 의해 편성되었다. 그 내용을 조선전기의 거진(巨鎭)과 비교하여 도표로 살펴보면 다음과 같다.11)

즉 중앙군으로 분류할 수 있는 경성의 훈련도감을 제외하면 4곳에 영이 설치되었는데, 『경국대전』의 거진에 비해서는 설치 지역에서 많은 차이가 있었다. 아울러 영의 최고 책임자인 영장의 품계도 인조대 이후 정3품인 것에 비해, 우영(右營)인 수원 독성산성(禿城山城)의 영장은 종3품 우후(虞候) 그리고 전영(前營)인 용인 석성산성(石城山城)의 영장은 종6품 찰방(察訪) 출신이었다. 전쟁 중에 임시로 설치된 것이므로 이러한 현상이 야기된 것으로 보이는데, 중국의 제도를 본떠 수령과는 별도로 군사지휘관인 영장을 둠으로써 백성을 다스리는 직책과 군사를 관리하는 직책을 구분하여 유사시에 혼란이 없도록 하였다는 점에서 주목된다.

그러나 임진왜란이 끝난 후 『기효신서』에 의한 진법(陣法)이나 기치(旗幟)의 사용을 비판하면서 진관·제승방략의 법에 의해 종전대로 수령으로 하여금 군병을 이끌고 훈련을 시키자는 주장이 제기되자,12) 선조는 기효신서법은 그대로 두되 영장을 별도로 임명하는 대신 진관의 수령에게 영장을 겸하게 하여 소속 읍을 통제하게 하는 겸영장제(兼營將制)를 시행하게 하였다.13) 그리하여 비록 기효신서법에 의해 무기와 편제 등에 변화가 왔지만, 진관 수령이 영장을 겸임하는 가운데 조선전기처럼 행정권은 물론이고 군사권을 함께 행사하게 된 것이다. 하지만 정묘호란에서 영장을 겸한 문관 및 음관(蔭官) 수령 중에서 군사를 이끌고 적과 싸울 수 없어 갑작스럽게 장수를 선발해야 하는 폐단이 노출되자, 정부는 정묘호란이 끝난 1627년(인조 5) 군사적 식견이 있는 당상(堂上) 이상의 무관을 영장으로 전국에 파견하여 겸영장제의 약점을 시정하려 했다.14) 그러나 병자호란을 겪은 후 경제적 어려움으로 1637년(인조 15) 영장 파견을 중지하였다가,15) 1654년(효종 5) 특진관 원두표(元斗杓)의 주장을 따라 삼남에 영장을 파견하였다.16) 효종대에 영장을 삼남에만 파견한 것은 청을 의식한 것이었는데,17) 효종대 이후 대체로 삼남에는 영장을 파견하고 다른 지역은 겸영장제가 시행되는 것으로 제도화하게 된다.18)

실제로 경기도의 진영장(鎭營將) 6명은 모두 수령이 겸임하였다. 아울러 설치 지역도 광주(廣州)·남양(南陽)·양주(楊州)·수원(水原)·장단(長湍)·죽산(竹山)으로, 조선전기의 진관인 광주·양주·수원·장단에다 남양과 죽산이 첨가된 것이었다. 따라서 영장이 별도로 파견되었던 충청도·경상도·전라도와는 달리, 경기도는 조선전기의 진관 수령이 영장을 겸임하면서 군사와 행정을 겸임하였다. 이러한 차이는 비록 청의 감시나 경제적인 어려움 때문이기도 하지만, 삼남에 비해 유사시 중앙에서 신속하게 군사지휘관을 파견할 수 있고 특히 경기도의 군대는 수도 외곽방어를 위한 수어청이나 총융청 등 중앙군에 편성되어 운용되었기 때문이다.

하지만 조선후기 경기도의 여주의 군사·행정체계에는 조선전기 경기도의 진관은 4개인데 비해 조선후기 진영은 6개로 늘어난 것은 물론이고, 외곽방어를 위해 설치된 수어청 등과 관련하여 많은 변화를 보였다.

먼저 조선전기에 여주는 광주 진관에 ‘이천·양근·지평·음죽·양지·죽산·과천’ 등과 함께 소속되었다. 하지만 1656년(효종 7)의 남한산성 속영체제(屬營體制)에서는 광주·이천·양근·지평 등과 광주 5읍군에 속하였다가, 1704년(숙종 30) 오군문개군제절목(五軍門改軍制節目)에 의해 수어청이 3영(營) 2부(部)체제가 된 후 여주는 조선전기와는 달리 전영(前營)인 광주가 아니라 ‘안성·음죽·양지·양성·진위’ 등과 함께 후영(後營)인 죽산에 속하는 변화를 보인다.19) 아울러 여주목사는 좌부별장(左部別將)으로서 동장대(東將臺)에 진을 치고 군사를 지휘하는 임무를 담당하였다.

다음으로 남한산성을 둘러싸고 군사책임자인 수어사(守禦使)와 행정책임자인 광주부윤의 마찰 및 당쟁과 관련하여, 광주부윤을 유수(留守)로 승격시켜 수어사를 겸임하게 하거나 별도의 수어사를 두는 것과 관련하여 여주의 군사·행정체계도 함께 변화하였다.20) 즉 1683년(숙종 9), 광주부윤이 유수가 되어 남한산성의 방어를 총책임지는 수어사를 담당하자 여주목사는 광주유수로부터 전영장 및 토포사의 임무를 넘겨받았지만,21) 1690년 광주유수가 부윤으로 환원되자 여주목사의 토포사와 영장의 직책을 광주부윤에게 환원하는 등의 변화가 몇 차례 있었다.22) 따라서 비록 광주유수가 부윤이 되면 토포사와 영장의 직책이 환원되었지만 여주목사가 토포사 및 영장의 임무를 담당할 경우 여주는 토포영 겸 진영으로서, 광주의 토포 소속 읍인 ‘양주·영평·포천·가평·양근·지평·과천·금천’을 그리고 광주 진영의 소속 읍인 ‘이천·용인’ 등을 통제하였던 것이다.

한편 토포와 관련해서 여주는 ‘이천·양지·용인·음죽·안성·양성’ 등과 함께 죽산에 소속되어 토포사를 겸임한 죽산부사의 지휘를 받았다.23) 여주에서는 임진왜란 때 도적이 성행하여 사람과 가축을 살해하고 영릉(英陵)의 재물을 빼앗었고,24) 인조대에는 경기도에 도적의 발호가 심각하여 토포사가 파견될 정도였으며25) 영조대에도 흉년이 들었을 때 도적이 발생하는 등 도적의 폐해가 심했다.26) 이에 정부는 무신으로 여주 수령을 임명하여 도적 체포의 효과를 높이려 하였고,27) 죽산에 토포사를 두어 여주 등 소속 읍의 수령이 토포를 착실히 수행하도록 감독하였던 것이다.