시민 제안제도와 공무원 제안제도를 운영하고 있다.

시민 제안제도는 시민의 삶의 질을 향상시키고, 시의 정체성과 자율성을 확보하며, 시정 전반에 대한 시민들의 창의적인 의견과 고안을 장려·개발하여 이를 시정에 반영함으로써 행정의 능률화와 효율성을 도모하기 위한 제도이다.

시민제안으로 제출할 수 있는 과제는 시민의 생활편익 증진이 가능한 각종 제도개선, 행정운영의 능률화와 경제화 방안, 시정과 관련된 기술의 개발 등으로 현저한 예산절감 효과를 기대할 수 있는 사항, 지방재정의 확충방안, 일상생활에 있어 행정기관이 연관된 불편사항 등이다. 제안서 접수는 연중 계속하며 양식은 기획감사실이나 읍·면사무소에 비치되어 있으며 제출자격은 여주시에 주민등록이 되어 있는 자는 제출과제를 자유롭게 선정하여 단독 또는 공동으로 입안하여 직접 또는 우편을 통하여 제출할 수 있다.

접수된 제안은 창의성, 실효성, 경제성, 능률성 및 주민편의성 등을 착안사항으로 심사하여 채택된 제안자에 대하여는 시장 표창과 함께 부상금을 지급하고 있다. 공무원 제안제도는 운영방법이나 절차 면에서 시민 제안제도와 비슷하지만 공무원 제안제도의 운영근거는 지방공무원법 제78조에 의하여 제안대상을 공무원으로 하고 있다는 차이점이 있다.

제안의 종류로는 과제선정을 응모자 자유로 행하는 자유제안, 과제를 지정하여 모집하는 지정제안, 직무수행과정에서 창의성을 발휘하여 현저한 개선효과를 거둔 경우에 소속기관의 장이 추천한 직무제안, 시 제안규칙에 의하여 채택된 제안 중 그 내용이 우수하여 다른 자치단체 또는 국가기관에서 적용이 가능하다고 인정하여 상급기관에 추천한 추천제안 등이 있다. 제안심사방법은 1단계로 실시주관 부서의 장이 주관하여 종합적인 평가를 실시하고, 2단계는 제안심사위원회(시정조정위원회 대행)에서 심사한다.

심사 및 시상은 수시로 접수된 제안은 분기별 1회 심사를 하게 되며, 주 심사내용은 이미 시행여부, 채택시 시행가능 여부 및 시행시 발생되는 예상 문제점, 예산절감 및 세수증대 여부, 창의성, 실효성, 경제성, 능률성 등을 실시하여 주관부서에 사전검토를 받은 후 제안심사위원회에서 제안의 채택 및 시상등급, 부상금을 결정하게 된다.

시상은 금상, 은상, 동상, 장려상으로 구분하고, 채택된 제안자에게는 시장표창 및 부상금을 지급하고 우수창안으로 도에 추천한다.