오·폐수 분리 하수도시설은 1999년 2월 8일 「한강수계수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률」이 제정 공포되면서 팔당광역상수도 수혜지역주민 부담금을 지원받아 「여주군 수질개선특별회계」가 설치운영 되어 특별회계자금으로 하수처리장 시설공사와 오·폐수 분리 하수도시설공사를 병행하여 시작되었으며, 1998년 상하수도사업소 직제가 신설되어 사업을 전담하게 되었다. 수질개선특별회계 2003년 회계연도 결산 세입규모는 664억 3,000만 원이며, 공사비의 대부분은 하수처리장 시설공사비이다. 여주읍의 하수처리장과 하수시설 현황은 아래와 같다.