마을버스는 일반 시외버스와 중복되지 않는 구간을 운행하는 대중교통 수단으로 1990년대 초에 출현하였으며, 여주에는 2001년에 처음으로 마을버스가 운영되기 시작하였다. 마을버스의 운행 허가는 한정면허였으나 2001년 관계법 개정으로 여객운송사업의 한 종류로 분리 허가되었다. 차형은 35인승 정도의 마이크로버스이며 요금은 신고제인데 대개 일반버스에 비하여 15% 정도 저렴하다. 2003년 말 현재 여주에는 3개 노선 6대에 마을버스가 운행하고 있다.