전쟁의 2단계는 대구와 부산을 근거지로 하여 반격전을 벌이던 유엔군이 인천상륙(1950. 9. 15)을 계기로 전세를 일시에 뒤집어 서울을 탈환하고(9. 28), 38선을 넘어(9. 30) 평양을 점령한(10. 19) 후 계속 진격하여 한·중 국경선 근처인 박천·태천·운산·희천·위원을 잇는 선까지 나아가고, 그 일부가 압록강변의 초산까지 진격하는(10. 26) 기간이다. 이러한 전황의 흐름 속에서 여주는 9월 23일경 인민군 점령지에서 유엔군의 점령지로 바뀌게 된다.

서울이 수복되었을 때 이승만은 38선 이북으로 진격할 것을 강력히 주장하였다. 중간선거를 앞둔 미국의 민주당 정권도 군사적 승리를 정치적으로 이용할 필요가 있었다. 그러나 당시 이러한 북진(北進) 결정에 있어, 미국이 가장 우려하였던 점은 북진시 중국군의 개입 가능성 여부였다. 결국, 여러 논쟁과 전망 끝에 미국은 북진을 결정했고, 미국의 강한 영향 아래 있던 유엔은 총회를 통해 유엔군의 38선 이북 진격을 승인하였다.

이에 따라 중국은 6·25전쟁에 참전할 것을 최종 결정하게 된다. 10월 19일 중국군은 인민의용군의 이름으로 압록강을 건너기 시작하였다. 전쟁 개입을 둘러싸고 내부적으로 찬반 논란이 있었고 소련의 지원 약속에서도 우여곡절이 있었지만, 결국 중국은 ‘항미원조 보가위국(抗美援朝 保家衛國)’의 기치 아래 참전하였다. 미국의 개입으로 이미 국제전으로 확대되었던 6·25전쟁은 이제 중국의 개입으로 ‘세계적 체제전쟁’의 모습을 갖추어가고 있었다.

9·28 서울수복과 38선 이북 북진 후, 남한과 유엔의 점령지역 정책은 전쟁 이전으로의 원상 회복과 사회주의 통치체제의 해체에 중점이 두어졌다. 북한지역 점령정책은 유엔군 군정장교의 책임 아래 남한에서 파견된 국립경찰과 우익청년단의 활동으로 이루어졌다. 이들은 ‘치안대’ ‘멸공단’ ‘서북청년회’ ‘대한청년단’ 등을 조직하여 북한 주민을 통제하였다. 당시 유엔군의 북한점령정책은 상대적으로 비체계적이었으며 많은 잔학행위를 낳았다.

수복된 남한지역에서도 점령기간 중의 부역자 처리 및 남한지역 내의 무장유격대 진압이 강도 높게 이루어지고 있었다. 전쟁 발발 직후 이승만 정부는 후퇴하면서 인민군 점령시 그들에게 협조할 가능성이 있는 보도연맹원 및 좌익인사들을 예비검속하여 즉결처분하였다. 이처럼 전쟁의 발발과 더불어 시작된 민간인에 대한 자의적인 학살은 이 시기에 오면서 더욱 가혹해졌다. 1950년 10월 4일 공식 출범한 군·검·경찰 합동수사본부가 최종적으로 발표한 부역자수는 55만 915명에 이른다. 국회에서 ‘부역행위자 특별처리법’이 정해졌음에도 불구하고 남한 정부는 이를 시행치 않고, 대신 ‘국가보안법’이나 ‘비상사태하 범죄처벌에 대한 특별조치령’에 의해 이들을 처벌하였다. 부역자들은 이후에도 연좌제에 의해 지속적으로 피해를 입었다.