수원지방검찰청 여주지청은 1909년 10월 21일 통감부령 제28호에 의하여 경성지방재판소 검사국 산하의 여주구재판소 검사국으로 발족되었다. 그 당시의 여주구재판소 검사국의 청사는 여주구재판소와 마찬가지로 지금의 여주시 상동< 184번지 소재의 이완용·이항구 사택이었으며 여주를 포함한 이천·양평·음죽·양지를 관할 구역으로 하였다.

해방 이후 여주지청은 1949년 9월 26일 법원조직법 법률 제51호에 의하여 서울지방검찰청 여주지청으로 개칭하였고, 초대 지청장에는 정시윤이 임명되었다. 검찰청법 제27조 규정에 의거한 「검사정원법」이 1956년 10월 23일 법률 제398호로 공포되면서 여주지청에는 지청장 1인만이 임명되었다. 또한 1979년 9월 1일 법률 제3162호에 의거하여 종래 서울지방법원 여주지청에서 수원지방법원 여주지청으로 개칭되었으며, 1986년 9월 1일 합의지청으로 승격되어 오늘에 이르고 있다.

여주지청의 청사는 1970년 12월 17일에 지금의 여주시 상동 361번지에 대지 2,778.5평, 건평 318.1평, 지하 1층, 지상 2층으로 신축개관하였다. 이후 업무량의 증가와 조직의 확대로 구 청사를 증축하여 1986년 12월 5일에 대지 9,185㎡, 주건물 1,379.44㎡, 부속건물 95,88㎡, 지하 1층, 지상 3층의 건물로 증축하여 현재의 모습을 하고 있다.