수원지방검찰청 여주지청은 관할지역인 3개 시·군의 법질서 확립과 지역사회 발전에 기여하는 검찰상 구현에 활동의 중점을 두고 운영되고 있다.

① 민생침해사범 단속

검찰은 민생침해사범의 지속적인 단속 및 예방을 통해 국민이 안심하고 생활할 수 있는 사회를 만들기 위해 노력하고 있다. 검찰은 민생침해 범죄를 국민생활의 안녕을 위협하는 가장 중요한 척결대상 범죄로 보고 대검찰청에 ‘민생침해 범죄소탕 추진협의회’ 및 추진본부를 설치하여 전국 각 지방검찰청과 긴밀한 업무지시를 통해 가정파괴사범, 인신매매, 조직폭력사범 등 3대 강력사범에 대한 집중적인 예방 및 단속 활동을 전개하고 있다.

② 부정부패사범 단속

검찰의 지속적인 사정활동에도 불구하고 사회 지도층 인사들의 대형 비리사건이 연이어 발생하자 공직 및 사회 지도층의 근원적 비리척결을 위해 1991년 4월 대검찰청에 공직 및 사회 지도층 비리 특별수사본부를 설치하고 전국 12개 지검 및 38개 지청에 같은 특별수사부(반)를 설치하여 종래의 단편적이고 대중적인 단속이 아닌 유기적이고 종합적이며 근원적인 사정 단속활동을 전개하고 있다.

③ 마약사범의 단속

마약사범은 국민의 정신건강을 병들게 하는 주범으로 범국가적인 마약 퇴치 노력에도 불구하고 마약은 근절되지 않고 있다. 더욱이 최근에는 국내 마약사범이 해외 마약조직과 연계하여 엄청난 양의 다양한 마약류를 국내로 밀반입하고 있다. 이에 검찰은 2001년 4월 신설된 대검찰청 마약부를 중심으로 전국 지검, 지청, 공항만(空港灣) 마약수사반을 연계한 전국 통합수사 체제를 구축하여 마약 밀수·밀매 사범 등 공급조직을 발본색원하고 마약투약을 유발하는 사회 분위기를 일대 쇄신함으로써 ‘마약 없는 건강한 사회’를 만들기 위해 단속활동을 지속하고 있다.

④ 지적재산권 보호

지적재산권이란 인간의 정신적인 창조력에 의한 결과물로 독점권이 인정되는 무형의 재산권이며, 전통적으로 특허권·실용신안권·상표권·의장권 등을 말한다. 지적재산권은 전세계적으로 인정하는 실정이므로 지적재산권에 대한 침해행위는 21세기 정보화 사회로 진입하는데 가장 큰 걸림돌이며, 미국·유럽연합 등 선진국과의 가장 큰 통상마찰의 원인이 된다. 이에 검찰은 지적재산권 침해행위를 근절하기 위해 대검찰청에 ‘합동수사 본부’를 설치하고 전국 21개 지방검찰청에 ‘지역합동수사반’을 두어 외교통상부·정보통신부·특허청 등 유관 기관과 합동 단속활동을 전개하고 있다.