① 서무과

서무과는 서무·문서·인사·명적·경리·구매 등의 업무와 전산실 운영을 담당하고 있으며 민원서비스 향상을 최우선 과제로 삼아 친절하고 신속하게 업무를 처리함으로써 수용자 가족 등 민원인에게 양질의 서비스를 제공하고 있다.

② 보안과

보안과에는 여주교도소 전체 직원의 약 60%가 근무하고 있다. 직원 및 경비 교도의 관리와 수용자 입출소, 거실 지정, 호송, 각종 계호업무 등 수용자의 생활관계 전반에 걸친 업무를 담당하고 있다. 보안과에서 관리하는 ‘경비교도중대’는 교정시설의 경비·교정시설 무장공비 등의 침투 방어, 수용자 계호 보조, 교정 시설의 파괴 및 수용자 탈취의 저지, 폭동진압, 기타 교정사고 예방의 임무를 맡고 있다.

③ 분류심사과

분류심사과는 수형자를 과학적으로 분류 심사하여 합리적인 개별 처우계획을 수립, 출소자의 재범 요인을 제거하고, 교정·교화의 내실화를 도모하기 위하여 분류심사의 과학화, 엄정한 분류수용으로 범죄 악성감염 방지의 업무를 맡고 있다. 그리고 정확한 심리 검사 실시로 처우의 합리화 및 사고 예방, 관용 부적격 대상자 선정과 교정·교화 촉진을 위한 수형자 누진 처우 실시, 수시 상담활동을 통한 수용자 고충해소 및 정서순화, 가석방 실시로 재사회화 촉진 등의 사항에 역점을 두고 있다.

④ 작업과

작업과는 수용자에게 교도작업 및 직업훈련을 실시하여 근로의 신성함을 터득케 하고 각종 기능자격을 취득시켜 출소 후 생업에 종사케 함으로써 그 성공적인 사회복귀에 기여하고 있다.

⑤ 교무과

교무과는 여주교도소 수용자의 교육·교화, 종교 및 생활지도, 귀휴와 석방자 보호 등의 업무를 수행하는 부서로서 수용자의 지적 능력개발과 심성 순화, 사회 적응력 등을 높임으로써 재범을 방지하고, 사회에 복귀하여 건전한 시민으로 정착할 수 있도록 다양한 교화 프로그램을 개발 시행하고 있다.

⑥ 용도과

용도과는 여주교도소 살림살이를 관장하는 부서로서 직원, 경비 교도 및 수용자의 급식에 관한 사항과 침구, 피복, 기타 각종 물품구입 업무를 비롯하여 청사 및 수용시설 전반의 보수 및 유지관리를 주요 업무로 하고 있다.

⑦ 의무과

의무과는 1965년 12월 21일 보건사회부 장관으로부터 비영리 의료기관 개설허가를 받아 본격적인 의료행정을 시작하여 수용자 진료, 건강 진단, 전염병 예방 등 오늘날까지 수용자 보건위생 업무를 수행하여왔다. 그리고 전문의 자격을 갖춘 의사가 상주하여 풍부하고 다양한 지식과 경험으로 수형자 건강진료에 최선을 다하고 있으며, 공중보건의와 함께 간호사 2명과 정식 간호조무사 자격을 갖춘 교도관이 의무과장을 보조하여 수형자 진료에 만전을 기하고 있다.