여주는 경기도 동남단에 위치하고 있으며, 동경 127°63′, 북위 37°에 자리잡고 있으며, 동으로는 강원도 원주시와 충청북도 충주시와 인접하고 있으며, 서쪽으로는 경기도 이천시, 광주시와, 북쪽으로는 양평군과 인접한 지역이다.

여주의 행정구역상 면적은 2001년 현재 607.97㎢이며 1읍 9면, 145개 법정리, 271개 행정리로 구성되어 있다.

읍면별 면적을 살펴보면 북내면이 여주 전체 면적의 13.6%를 차지하고 있어 가장 넓고, 그 다음으로 대신면이 12.5%, 가남면이 12.4%의 순으로 면적이 넓은 것으로 나타났으며 여주읍은 9.6%의 면적을 가진다..

또한 여주는 공간적으로 여주읍과 서울과의 거리가 83.6㎞, 수원과의 거리가 71.8㎞로 서울 및 수도권 도시들과 비교적 인접한 지역이고 교통체계상 국도 37호선(양평-장호원)과 국도 42호선(서울-원주)에 교차하는 지점에 위치하고 있으며 영동고속도로가 이 지역을 관통하고 있어 교통상 접근도가 상당히 양호한 편이다.

여주의 수계는 한강유역에 속하고 남한강이 남부에서 유입되어 여주의 중앙을 관통하고 있으며 수도권정비계획법상 자연보호권역으로 지정되어 있을 뿐만 아니라 팔당호 수질보전 특별대책지역으로 지정되어 있어 개발에 많은 제약을 받고 있다.