축산업이 크게 발전함에 따라 위생에 관련된 가축의 방역은 축산업에서 중요한 비중을 차지하게 되었고, 다두사육에 따른 질병예방 체계의 확립은 그 어느 때보다 절실한 것이다. 그래서 정부에서는 일반 수의사뿐만 아니라 공중보건 수의사를 채용하여 국가의 예산을 배정하여 사전에 가축의 방역사업을 실시하고 있다. 우리나라에서 실시하고 있는 가축의 방역사업은 소에 있어서는 탄저와 기종저, 전염성 비기관염에 대한 방역사업이 있다. 돼지에는 돼지콜레라와 일본뇌염 및 전염성 위장염 등의 방역사업이 있고, 개에서는 광견병 등의 예방주사법이 있다. 이밖에도 유행성 열이나 아까바네병 등에 관한 예방주사 방법이 있다.

가축의 방역사업의 실적을 보면 1996년에 소의 탄저, 기종저에서 11,417마리이고, 1997년 1409마리, 1998년 11,446마리, 1999년 8,384마리, 2000년 1만 308마리, 2001년에 5,643마리의 방역실적을 기록하여 78.4%의 방역률을 나타내었다. 개의 광견병은 1996년에 1만 2,558마리를 방역 실시했으며, 2001년에는 24,865마리의 방역실적을 기록하여 105.4%의 방역률을 나타냈다.

읍·면별 가축방역 실적으로는 가남면이 탄저, 기종저 1,618마리, 소 전염성기관염 849마리, 돼지일본뇌염 6,120마리, 돼지전염성위장병 1만 1,850마리 등 방역을 실시하여, 여주 내에서 실적이 제일 많았다. 돼지오제스키병 예방실적은 능서면이 5,250마리로 전체 예방실적의 32.6%에 해당하였고, 뉴캐슬병과 광견병 예방실적은 가남면과 능서면, 여주읍순으로 나타났다.