농어촌정비사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며, 농업인의 영농규모 적정화를 촉진함으로써 농업생산성을 증진시키고, 농어촌의 경제·사회적 발전에 이바지하기 위하여 설립하였다.

농업기반공사 여주지사는 1908년 2월 전북 옥구서부수리조합으로 설립(수리조합 효시)하여 1970년 2월 농업진흥공사발족(토지개량조합연합회와 지하수개발공사 합병), 1990년 7월 2일 농어촌진흥공사 설립(농업진흥공사 흡수), 2000년 1월 1일 농업기반공사를 설립(농지개량조합, 농지개량조합연합회, 농어촌진흥공사 통합)하여 현재에 이르고 있다. 경기도 여주시 신지동 785-1에 소재하고 있다.