한국교육은 1990년대를 맞이하여 질적인 도약의 시기를 맞게 되었다. 1993년 2월 25일 문민정부가 신한국 창조의 기치를 내걸고 각 분야에서 변화와 개혁을 추진하였다. ‘신한국 창조를 위한 신한국인의 양성’을 시정지표로 하고 추진하던 교육개혁 중에는 교육관계법령과 교육과정의 개정, 그리고 대학 입시제도의 개혁이 포함되어 추진되었다. 1990년대 정부는 교육개혁을 주요 개혁과제로 설정하고, 교육개혁위원회를 구성하여 교육개혁의 원천이 될 수 있는 법적, 제도적 기반을 마련하는데 총력을 경주하였다. 그 일환으로 광복 직후인 1949년 12월 31일 공포하여 시행하여 오던 교육법을 폐지하고 1997년 12월 13일 교육 3법이라 일컫는 교육기본법, 초·중등교육법, 고등교육법을 제정하였다.

교육기본법은 교육개혁의 기본정신인 수요자 중심의 열린교육 체제를 위하여 학생·학부모·교원 및 국가 등 교육 당사자의 지위와 책임을 정하고 교육제도와 그 운영에 관한 기본 사항을 규정함으로써 국민의 교육받을 권리를 적극적으로 실현하기 위한 법적·제도적 제도를 마련하였으며, 지방교육자치에 관한 법률도 개정하였다.

또한 1996년부터 광복 이후 초등교육을 담당하던 국민학교의 명칭을 초등학교로 변경하고, 중학교의 의무교육도 1992년부터 연차적으로 군 지역까지 확대 실시하게 되었다.

특히, 이 시기는 21세기 고도정보화사회 대비 교육정보화 종합추진계획(1995~2003년)을 수립하고 그 계획에 따라 컴퓨터 기기의 보급, 전산망 구축, 소프트웨어 개발, 교원정보화 연수, 제도 및 조직정비 시범사업 추진 등 6개 분야로 나누어 추진함으로써 초·중·고등학교 컴퓨터 보급은 학교당 교사용 1대와 학생용 2인 1대 기준으로 30여대의 컴퓨터를 보급하기 시작하여 1995년 94.7%의 보급률을 달성하고 1996년까지 1학교당 1개의 컴퓨터 실습실을 확보하여 교육정보화시대를 맞이하였다.1)

또한 1991년부터 지방교육자치제가 실시되면서 교육세법을 개정하여 시한법을 영구법으로 개정하고, 교육의 질적 향상을 도모하기 위한 교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보토록 하고 이를 학교 급별 교육비 차이도(差異度)에 의한 가중 학생수에 의거 시·도교육청에 재정을 총액으로 배분하게 되어 시·도교육청이 재정을 자율적으로 배분·사용할 수 있게 함으로써 이 시기에는 교육시설과 기자재 및 교육환경의 개선이 획기적으로 이루어졌다.

이 시기에는 정치적으로 혼미한 상태에서 정권교체가 이루어졌으며, 1998년 2월 IMF체제하의 경제위기 속에서 출범한 국민의 정부는 정부조직법의 개정으로 교육부를 교육인적자원부로 바꾸는 동시에 장관이 부총리로 격상되었으며, 교육개혁을 더욱 강하게 추진하여 교육공무원법을 개정하여 초·중등교원의 정년을 62세로 단축함으로써 1999년 8월 말 고령 교원들을 대량 교육현장에서 물러나게 하였다. 문민정부의 교육정책은 많은 부분에서 성과를 거두었으나 준비 없이 성급한 개혁을 추진하여 시행착오를 가져왔으며, 무분별한 정년 단축으로 교육현장에서의 교원 부족사태를 빚게 했다.

1990년 이후 2003년 현재에 이르는 기간의 여주 교육기관의 변동추이는 아래 표에서 보는 바와 같이 유치원 수의 변동 없이 원아수가 약간 증가했으며, 초등학교의 경우에는 학교수가 2개교 감소하였으나 학생수는 다소 증가하였다.

한편 중·고등학교의 경우 학교수는 변동이 없으나 학생 수는 각각 1천 명 이상씩 줄어들었다. 중등교육 기관의 학생수가 매년 감소하는 것은 이농현상의 지속과 출산율 감소로 이 지역의 인구가 계속 감소하고 있을 뿐 아니라 열악한 교육환경으로 인하여 양질의 교육을 받기 위해 상급학교 지망생들이 외지 학교를 선호하기 때문으로 분석된다.

1990년 이후 여주지역에 중등교육기관의 설립은 없었으며, 유일하게 고등교육기관으로 전문대학인 여주대학이 설립되었다. 대학의 설립은 지역 주민의 오랜 숙원이기도 하였다. 대학이란 단순히 고등교육기관으로서의 입지뿐만 아니라 지역사회의 사회적, 경제적 발전에도 크게 영향을 미치게 되는 것이므로 대학의 설립은 지역발전을 급전시키기 때문이다.

여주대학은 1993년 설립되었으며, 설립 당시 7개학과 640명으로 개교하였으나 그동안 많은 교육재정을 투입, 발전을 거듭하여 2004년 입학정원은 27개 과 2,836명으로 증가하였으며 이 지역사회의 유일한 고등교육기관으로서 2003년 2월 28일 현재 1만 4,077명의 졸업생을 배출하였다.

여주대학은 건축과, 정보통신과 등 3년 과정 8개 과와 컴퓨터정보처리과와 도자기디자인 학과 등 2년 과정 19개 과를 개설하고 있으며, 특히 도자기디자인학과는 여주지역이 생활도자기의 전국적 중심지라는 측면에서 지역특성에 맞는 적절한 학과라 할 수 있다. 도자기디자인학과는 이 지역에서 매년 개최하는 여주도자기축제에도 참가하여 좋은 반응을 받고 있으며, 여주대학의 여자축구팀은 전국을 제패한 선수들로 구성되어 있다.