현재 여주에는 9개 고등학교가 있으며, 그 중 순수실업계 고등학교는 여주자영농업고등학교 1개교뿐이며, 순수인문계 고등학교로는 여주고등학교, 대신고등학교, 이포고등학교 3개 학교가 있다. 그리고, 인문계와 실업계 병설학교로 여주제일고등학교, 여주여자고등학교, 여강고등학교, 창명여자종합고등학교, 점동종합고등학교 5개교가 있다.

2003년 12월 31일 현재 각 학교의 개설학과와 학급 수, 그리고 학생 수는 아래와 같다.

특히 병설학과의 경우 인문계인 보통과를 제외한 실업계는 모두 상업계열인 경영정보과, 정보처리과, 사무자동화과, 관광경영과를 운영하고 있으나 최근에 이르러 인문계 선호현상이 나타나 상업계열의 학과가 감소하고 인문계 학급이 증가하는 추세이다.

인문계와 실업계를 병설하는 경우 대학 진학을 목적으로 하는 보통과와 직업교육을 주로 하는 다양한 교육과정을 운영하여 학생이 요구하는 두 가지 진로 요인을 동시에 충족시킬 수 있는 장점도 있으나 이를 운영하는 과정에서 여러 가지 문제점이 나타나는 것이 현실이다.

첫째, 교육과정 운영상의 문제이다. 현재 제7차 교육과정에서는 초등학교 4학년부터 고등학교 1학년인 10학년까지는 국민공통기본과목인 국어, 도덕, 사회, 국사, 과학, 음악, 미술, 체육, 기술/가정, 외국어(영어) 등 10개 과목을 구분 없이 이수하게 되어 있으나, 고등학교 2학년부터는 상업계를 선택한 학생은 취업을 위한 전문교과를 집중적으로 이수하게 되고, 인문계를 지원한 보통과 학생들은 대학 진학을 위한 과목을 집중적으로 이수하게 된다. 이러한 교육과정 이수상의 상이한 교과선택으로 학생들이 각각 이수하게 되는 과목의 특성이 완연히 차이가 날 뿐 아니라 직업을 위한 전문교과를 이수하게 되는 학생들은 대부분 실무에 가까운 교육과정을 이수하게 된다. 따라서 인문과 학급의 바로 옆 교실이 동급생 실업계 학급으로 배치되는 열악한 교육현실로 학생들 간의 갈등이 나타나기도 하며, 현재 교육제도나 대학진학을 위한 입시제도와 정책하에서는 학교에서 아침 일찍부터 밤늦도록 이루어지는 인문계 학생들의 특기적성 교육활동·자기주도학습과 정규수업만을 주로 하는 실업계의 특성상 학교 교육과정 운영의 어려운 점이 많이 나타나고 있다.

둘째, 학생들이 학습성취 동기와 학습결과의 차이에서 오는 갈등과 괴리감이 팽배하다. 경제적 수준이 향상되고 산업구조가 지식기반사회로 전환됨에 따라 고학력 인력을 요구하게 됨에 따라 대부분의 학생이 실업계 고등학교를 기피하고 인문계 고등학교를 선호하는 현상이 두드러지게 나타나고 있다. 현재 여주의 실업계 고등학교에 재학하는 남녀 학생 362명을 대상으로 설문 조사한 바에 의하면 그들 중 82.4%에 해당하는 298명이 취업을 목적으로 실업계를 선택한 것이 아니고 고교 입학당시 실력이 모자라 실업계를 지원하였다고 답하고, 졸업 후 대학에 진학할 것을 희망하고 있었다. 그러나 상당수의 학생들은 기초학력이 부족하고 학습에 대한 흥미와 적성이 맞지 않아 학교수업을 소홀히 하는 경우가 나타나고 있는 실정이다. 또한 보통과 학생들과의 학력 차이에서 오는 불안과 갈등으로 각종 학교행사의 참여율이 상대적으로 저조한 등 실업교육 본연의 목적을 달성할 수 없는 문제점이 나타나고 있다.

셋째, 보통과 담당교사와 전문교과 교사간의 갈등이 교육을 저해하고 있다. 대학 진학을 목표로 하는 학생들을 주로 지도하는 인문교과 교사와 실업계를 담당하는 전문교과 교사가 교무실을 함께 사용하고 있는 현실이며, 보통과 담당교사는 실업계를 전담하는 교사보다 출근시간이 훨씬 빠르고 퇴근시간이 늦음에서 오는 교사 상호간의 이해부족과 상대에 대한 배려 부족에서 오는 상대적 박탈감이 교원의 사기를 저하시키는 요인이 되고 있으며, 이는 교육활동 전반에 걸쳐서 나타나 학생지도에 악영향을 주고 있다.