여주농업경영전문학교의 교육과정은 수업연한 2년 동안 교양교과와 전문교과로 구분하여 운영하고 있다. 학점의 배점 기준은 교양교과 15~20% 전문교과 80~85%로 하고, 전문 교과의 50% 이상을 실험과 실습에 부과한다. 현장 실습은 국내외의 선진 농장 또는 농업관련 기관·법인단체·독농가 등에서 영농체험을 하면서 부과된 과제를 이수하는 방법으로 운영하는데 재학기간 중 1개월 이상을 필수로 하고 있다. 현장 연수는 국내 농업 관련 연수기관 및 신지식인 농장 현지연수 프로그램, 해외연수 등을 통해서 이수하도록 하며, 16시간 이상 연수시 이를 학점에 반영하고 있다. 졸업에 필요한 최저 이수학점은 80학점이지만, 필수교과를 이수하지 아니하고는 졸업할 수 없다. 졸업생에 대한 지원으로는 병역법 동법시행령 제81조의 규정에 의한 후계 농업인 중 농업분야 산업 기능요원으로 편입되기를 희망하는 자에 대하여는 후계 농업인으로 편입 심사시 가점 사항을 받을 수 있도록(영농 기반 조성이 가능한 학생) 기초단체장에게 추천하고 있으며, 후계 농업인으로 선정되면 병역의무복무를 농업경영으로 특혜(현역대상자는 36개월, 상근예비역 대상자는 28개월)를 받을 수 있으며, 또한 농촌 정착에 필요한 자금 등을 지원받을 수 있도록 기초 자치단체장에게 적극 추천하고 있다.