여주교육청은 1952년 6월 4일 각 읍·면에 1명씩 교육위원이 선임되어 교육위원회를 구성하여 교육감을 선출했다. 1953년 1월 1일 초대 이기호 교육감이 취임하여 군 교육업무를 관장했다. 1962년 1월 1일 군사혁명위원회의 자치법 개정으로 교육에 관한 특별조례에 의거 자치제가 폐지되고 교육행정 업무가 군청으로 흡수되었다. 1963년 12월 5일 교육법이 다시 개정되고 1964년 1월 1일 공포됨으로써 교육자치제가 부활되었다. 이에 따라 도는 교육위원회를 구성하고 교육감을 선출하여 업무를 관장케 하고, 군에는 교육장을 임명하여 군 교육업무를 관장하도록 했다. 1964년 3월 20일 초대 강중호 교육장이 취임하여 여주시 상동 201번지 한옥으로 이전 개청하였다. 그후 1967년 5월 31일 철근 콘크리트 3층 슬라브, 연건평 83.56평의 신청사를 신축하였다. 1973년 1월 31일 교육법이 개정되어 중학교 감독권을 도로부터 위임받아 현재 유치원 32, 초등학교 22(분교 6), 중학교 12교를 관장하고 있다.