연도별 학급 수의 변화도 학생 수의 변화와 같이 초등학교는 학생 수가 가장 많던 1970년대에 가장 많았고, 중학교는 1980년대, 고등학교는 1990년대에 가장 많았다. 이것은 학생 수의 자연적 증감과 함께 교육환경 개선사업 중 하나인 학급당 인원수의 조정으로 인한 것으로 보인다.

1970년 이후 국가의 경제 발전과 특수교육에 대한 국가적 관심이 증대되기 시작하면서 1976년에 여주에도 여주국민학교에 1학급의 특수학급이 생기면서 특수교육의 뿌리가 내리기 시작하였다. 이후 1990년대에 접어들면서 특수학급이 늘어나기 시작하여 1995년도에 재택학급을 포함하기 시작하여 2002년 현재 15개의 특수학급과 9개의 재택학급으로 24개의 특수 학급이 있으며, 특수학급 담당 교원 수는 24명으로 100% 특수학교 교사자격증을 소지한 교사들이 배치되었다.