1990년대에 들어서면서 제6차 교육과정 실시를 위한 각급 학교별, 군 단위별 교원연수를 마무리하고 초·중학교는 1995년도부터, 고등학교는 1996년도부터 단계적으로 실시하였다. 1995년 교육개혁조치가 발표되면서 세계화와 정보화시대를 대비하는 교육과 열린교육체제로의 전환을 시도하였다.

1992년 제12대 교육장으로 취임한 김성태 교육장은 미래를 선도할 능력 있는 한국인 육성을 목표로 하여 민주시민의 자질 함양, 기초교육의 충실, 과학·실업교육의 진흥, 신뢰받는 교직풍토 조성에 힘을 쏟았다.

1994년 제13대 교육장으로 취임한 장만수 교육장은 민주 시민의 자질 함양, 교육과정 운영의 충실, 미래에 대응하는 과학교육, 교원의 자질 함양, 교육환경 여건의 개선 등 21세기를 대비하는 교육에 심혈을 기울였다.

1996년 제14대 교육장으로 취임한 정유진 교육장은 민주시민 교육의 충실, 개성 신장 교육의 철저, 정보교육의 강화, 신뢰받는 교육풍토 조성, 교육환경·여건의 현대화를 위하여 교육 수요자 중심의 교육, 인성·덕성 중심의 교육, 자율성과 책임성에 바탕을 둔 학교운영에 중점을 두고 추진하였다. 또한 여주지역의 특성을 살린 세종의 얼 계승 교육, 전통 도예 교육을 계속 추진하였다.

1994년 특수교육진흥법이 전면 개정되면서 여주에도 각급 학교에 특수학급이 설치되었으며, 재택학급도 신설되어 특수교육의 새로운 장이 마련되었다.

1990년대에 들어서도 이농과 인구 감소로 면단위 초등학교는 분교장화와 폐교의 과정을 거치면서 학교 수가 줄었고, 면단위 중학교도 학급 수가 감축되었다. 1995년에는 행정구역 개편으로 강천국민학교 대둔분교장을 강원도 교육청에 이관하였고, 1996년 3월 1일에는 국민학교를 초등학교로 개칭하였다.

한편, 1990년대는 교육부나 도에서 지정하지 않은 대부분의 학교를 시범학교로 지정하여 각 학교 급별 특색 있는 교육을 하도록 하였다.