여주교육청에서는 여주교육의 기본 방향을 도덕성 함양과 창의력 신장 교육으로 세계화에 대응하는 ‘21세기를 이끌어 갈 창의력 있는 인간 육성’에 정진하고 있다. 새로운 학교문화 창조를 위한 교육개혁으로 가정과 사회가 협력하고 참여하는 가운데 책임교육, 책임행정 구현으로 교직의 신뢰를 이루고 미래의 새 장을 열기 위하여 신여주인 육성에 역점을 두었다.

제15대 여주교육청 교육장으로 취임한 이용식 교육장은 신여주인 육성을 위하여 ‘21세기를 이끌어 갈 창의력 있는 인간 육성’이라는 지표를 설정하고, 이를 위하여 민주시민 교육의 충실, 개성 신장 교육의 철저, 과학·정보교육의 강화, 교육의 전문성과 책무성 제고, 교육환경·여건의 현대화 등의 교육시책을 수립하여 추진하였다. 또한 특색사업으로는 여주의 특수성을 고려하여 신여주인 육성 교육을 추진하였으며, 신여주인 육성 교육 세부 사업으로는 세종의 얼 계승 교육, 신여주인 발굴 육성, 충·효 시조 암송 및 노래 부르기를 통한 인성교육을 전개하였다.

2000년대도 1990년대와 마찬가지로 여주읍에 있는 학교의 학생 수는 늘어나는 반면, 주변 지역 학교의 학생 수는 감소하는 추세를 보이고 있다. 이처럼 농촌 지역의 학생 수 감소에 따라 2002년 2월 28일 강천초등학교 걸은분교장이 폐교되게 되었다.

한편, 2000년대 여주교육청에서 실시한 역점사업별 교육활동을 살펴보면 다음과 같다.

1. ① 세종의 얼 계승 교육 : 『바른 우리말, 글살이』를 발간하여 교육 자료로 활용.
2. ② 신여주인 발굴 육성 : 신여주인 발굴 체육대회 실시.
3. ③ 충·효 시조 암송 및 노래 부르기를 통한 인성교육 : 『부모사랑 나라사랑』를 발간하여 배부했고, 충·효 시조 암송 및 노래 부르기 대회 개최.
4. ④ 신여주인 육성 교육 활동 : 기초생활 6대 과제의 생활화, 인터넷을 이용한 학습지도, 실천·체험 중심의 봉사활동 전개, 4계절 꽃피는 학교 운영, 아름다운 화장실 가꾸기, 건강 달리기.
5. ⑤ 경기도학생 여주야영장 운영 : 건전한 청소년 육성을 목적으로 설립된 학생여주야영장에서 5개의 교육 프로그램을 실시하고 있다. 2001년에는 48개교 8,200명, 2002년에는 51개교 1만 3,013명의 학생이 여주야영장을 이용하였다.