여주에 개신교가 들어온 것은 1900년 전후이며, 여주 최초의 개신교회는 1904년에 설립된 감리교의 여주중앙교회이다. 현재 여주시 하동 341번지에 있으며 배정길 목사가 맡고 있다. 강천리 598번지의 강천교회도 감리교회로 이 두 교회가 들어오면서 본격적인 선교활동이 시작됐다.

그 뒤를 이어 북내 중앙교회(1905년), 점동 청안교회(1906년), 가남 삼군교회(1907년) 등이 세워졌으며, 20~30년 후에는 각각 장풍교회(1922년)와 후포교회(1932년)가 지어졌다.

그 밖에도 감리교회로는 여주시 하동 331-1번지의 벧엘감리교회(담임 이기천 목사), 흥천면 상백리 105-1번지의 상백감리교회(담임 최동근 목사), 금사면 이포리 279번지의 이포교회(담임 이창복 목사) 등이 있으며, 성결교회로는 여주시 하동 284번지의 여주성결교회(담임 강광수 목사), 흥천면 효지리 373번지의 흥천성결교회(담임 박광옥 목사), 강천면 걸은 3리 30-4번지의 강천성결교회(담임 도주환 목사), 여주시 홍문동 164번지의 여주중앙성결교회(담임 남성현 목사) 등이 있다. 침례교회로는 여주시 창동 141번지의 여주침례교회(담임 고헌재 목사)가 있고, 순복음교회로는 여주시 홍문동 42블록 4-1의 여주순복음교회(담임 김봉환 목사)가 있다. 구세군으로는 여주시 현암동 189번지에 구세군 여주영문이 있다.