여주 기독교의 역사에서 교회성립 100주년이 넘는 교회가 있다. 바로 여주중앙감리교회로 1902년 11월 24일 미국인 선교사 스크랜튼 대부인(Mrs. Mary E. Scranton)의 주선으로 여주시 창동 68번지에 11월 24일 여주읍감리교회를 창립한 이래로 어언 100여 년이 흘렀다.

스크랜튼 부인은 의사인 스크랜튼 박사의 어머니로, 메사추세스주 벨처타운에서 감리교 목사인 벤톤(E. Venton)의 맏딸로 출생하여 결혼하였으나 마흔에 남편을 잃고 교회 일에 전념하고 있었다. 1884년 미국 감리교 여선교회 외국선교부에서 한국선교사를 모집할 때 자원을 하였고, 이어 아들도 의료선교사로 자원하여 일가족 4인(박사 내외와 딸)이 한국으로 오게 된다. 스크랜튼 부인은 처음 정동에 199간의 단층가옥을 건축하여 1886년 5월 여학생 한 명을 들여 교육을 시작한다. 이후 학생이 많아지고 명성황후도 ‘이화학당’이라는 교명과 현판을 보내주어 당당한 교육기관으로 자리매김한다. 이후 이화학당의 운영은 로드 웨일러 여선교사에게 맡기고 자신은 경기 동남부, 즉 이천, 여주, 수원 등지로 순회하며 복음을 전하게 된다. 이때 여주읍 감리교회도 설립된 것이다.

한국의 기독교 전래는 감리교 목사인 아펜젤러를 위시하여 배재학당, 이화학당의 건립 등 학원운동과 직결되어 있는데, 여주는 바로 그러한 시대적 배경 속에서 감리교회의 역사를 100년 동안이나 이끌어올 수 있었다.

현재의 건물은 옛 석조건물에서 이전하여 신축한 것으로, 1991년 9월 26일부터 1993년 3월 30일까지 공사한 것이다.