여주군체육회의 체육회장은 1963년부터 당연직으로 군수가 임용되도록 하여 현재까지 군수가 그 직위를 이어오고 있다. 또한 1994년 5월부터는 회장 아래에 상임부회장과 전무이사를 두어 체육회의 사무를 전담하게 하고 있다. 1994년 첫 상임부회장으로 김정렬, 전무이사로 류명로가 선임되었고, 1995년 7월 1일부터 1998년 6월 30일까지는 회장 박용국(전 군수), 상임부회장 김충성, 전무이사 류명로 등이 선임되어 활동하였다. 계속해서 1998년 7월 1일부터 2002년 6월 30일까지는 회장 박용국, 상임부회장 최의규, 전무이사 류명로·조기복이 선임되어 활동하였으며, 2002년 7월 1일 이후부터 현재까지는 회장 임창선(군수), 상임부회장 조기복, 전무이사 이종천이 선임되어 활동하고 있다.

2004년 현재 여주군체육회의 임원은 아래와 같다.