17세기 중엽 이전의 고문서는 두 차례의 전란을 거치면서 대부분 소실되었으며, 현재 남아있는 고문서의 대부분은 17세기 중엽 이후의 자료이다. 그러나 일제 강점과 함께 지방 관아의 문서는 모두 폐기되었고, 중앙 관아의 문서 또한 여러 곳으로 흩어져 현재까지 전해오고 있다.

왕궁 소장 문서는 이왕직(李王職)으로 이관되었고, 해방 후 문화재관리국 장서각(藏書閣)을 거쳐 현재 한국학중앙연구원으로 이관되었다.

각 아문의 문서는 조선총독부 취조국·참사관실·학무국 등으로 이관되었다가 경성제국대학으로 옮겨졌으며, 해방 후 서울대학교 규장각에서 소장하고 있으며 장토문서(庄土文書) 등이 주종을 이룬다.

조선총독부 도서관에서 수집한 고문서는 국립중앙도서관으로, 조선사편수회 소장 도서는 국사편찬위원회에서 소장, 관리하고 있다.

여주와 관련된 고문헌 조사는 규장각·국사편찬위원회·장서각(한국학중앙연구원)·국립중앙도서관의 인터넷 자료를 검색하였다. 가장 많은 고문헌을 소장하고 있는 곳은 서울대학교 규장각이다. 국사편찬위원회는 주로 타 기관 소장 고문헌의 마이크로필름을 통해 확인할 수 있었다. 장서각과 국립중앙도서관 소장 여주 관련 고문헌은 소수에 불과했다.

확인된 고문헌은 몇 가지로 나누어 소장처를 밝히고 대략적인 내용을 옮겨 적었다. 해제 등은 수정 없이 그대로 수록하였다. 국사편찬위원회에서 확인된 명문(明文) 등 토지매매문서는 대부분 토지박물관이 소장하고 있는 것으로 별도의 표로 처리하여 간략히 소개하였다.

고문서 분류는 규장각의 4부(四部) 분류에 따랐다.