여주시의 수리적 위치는 극동 E127°46′(강천면 대둔리), 극서 E127°21′(산북면 주어리), 극남 N137°8′(점동면 관한리), 극북 N37°26′(금사면 전북리)로서 북위 35°~43° 2′ 사이에 분포하고 있는 온대식생군에 속한다. 이 식생군에 가장 많이 분포하는 수종은 소나무며, 기타 낙엽수 및 활엽수가 풍부히 자생하고 있다. 낙엽활엽수는 갈참나무, 상수리나무, 졸참나무, 서어나무, 자작나무, 물푸레나무, 갯버들, 털피나무, 때죽나무, 개나리, 싸리, 진달래, 산철쭉, 철쭉꽃이 가장 많이 자생하고 있다. 그 외에 참억새, 물억새, 실새풀, 산구절초, 피나물, 앵초, 도라지, 잔대, 더덕, 며느리밥풀꽃, 꽃향유 등이 있다. 특이한 종으로서는 미선나무, 매미꽃, 지리바꽃 등이 있다.

특히 여주는 우리나라의 중부내륙지방에 위치하고, 경기도의 서부지역과 강원도의 산지지역 간의 점이지대에 위치하여 소지역의 식생분포로 볼 때 산지성을 띤 구릉지대의 식생분포를 보이고 있다. 즉 수직상의 식생분포보다는 혼합적인 수평적 식생분포를 보이는 것이 특징이다.

구체적으로 여주의 식물분포를 살펴보면 온대 중구(대표적 식물군 : 서나무, 졸참나무)에 속하여 온대식물이 집중적으로 분포하고 있다. 해발고도가 높은 산이 거의 없어 특징적인 식물의 수직분포나 수평분포를 찾아보기 힘들다.

여주의 우점종은 소나무지만 그 이전에는 참나무, 더 오래전에는 잣나무와 전나무로 추정된다. 높은 산이 거의 없어 한대식물은 거의 발견되지 않고, 난대식물로는 감나무가 서식하고 있다. 식생의 분포는 각 읍·면·동마다 특이한 차이가 거의 없으며, 시의 전 지역이 균일한 식생분포를 보인다. 다만 지형에 따른 분포의 차이가 일부 발견되고 있다.

산지의 우점종은 소나무며 대부분 왜송과 재래종이 혼재하고 있다. 이러한 소나무림의 아래에는 산거울, 김의털 등이 자라나거나 여러 잡초가 자라고 있다. 오갑산 등 해발고도 600m 이상의 산 정상부에는 상수리나무, 갈참나무 등이 분포하고, 산록으로 내려올수록 소나무가 점점 많아진다. 그 밖에 상수리나무, 졸참나무, 갈참나무 등이 혼재하고 있으며, 특히 산 능선에는 사방수목인 오리나무가 많이 자라고 있다. 또한 사방수목인 아까시나무가 거목보다는 잡목의 형태로 분포되어 있다. 이러한 수목의 아래에는 진달래, 산철쭉, 싸리 등의 관목이 번성하고 있다. 한편 노출된 양지에는 갈참나무와 개솔새, 억새, 솔새 등의 잡초가 군생하고, 음지에는 낮은 개암나무, 양지에는 높은 개암나무 등이 칡과 함께 자라고 있다.

산의 중간고도에는 굴참나무, 잣나무 등의 수목이 서식하고 있으며, 이보다 높은 곳에는 신갈나무, 피나무, 단풍나무 등이 소나무와 함께 자란다. 또한 중간고도 아래에는 철쭉나무, 참싸리, 참개암나무 등의 관목과 우산나무, 단풍취, 산새풀, 둥굴레 등의 초여주시락이 함께 형성되어 있다. 산 계곡 중 넓은 지역에는 소나무와 참나무들이 우점종으로 자라고 있으며, 산 사면의 아랫 부분에는 참나무와 관목들이 수풀을 이루고 있다.

과거에는 대개 산지의 고도가 낮아 대부분의 수목이 연료채취의 대상이 되어 거목보다는 잡목으로 이루어진 경우가 많았다. 따라서 우량종보다는 속성종인 오리나무, 아까시나무 등이 번창하는 등 무성한 수목보다는 듬성듬성한 식생분포를 보이고 있었다. 그러나 적극적인 산림보호와 가정 연료의 변화로 인해 인공림에서 자연림으로 회복되는 등 본래의 식생분포를 보이고 있다. 최근에는 대규모 골프장의 무분별한 건설과 주택지 및 공장 부지 등으로의 토지이용이 증가해 산림분포 및 생태계 안정에 일정한 위험을 주고 있다.

범람원 및 낮은 구릉지대에는 이른봄에 제비꽃, 할미꽃, 양지꽃, 민들레, 씀바귀 등이 번성하며, 취락 주변에는 개나리가 다량으로 자라고 있다. 또한 마타리, 개미취, 쑥부쟁이, 구절초, 엉겅퀴 등의 군락이 이 지대에 여름과 가을로 형성되고, 길가에는 질경이, 그령, 길뚝사초, 강아지풀, 포아풀, 바랭이 등이 널리 자란다.

습지에는 여뀌, 고마리, 닭의장풀 등과 수생식물인 갈대, 줄, 아기부들, 그리고 정수식물인 연꽃, 가시연꽃, 풀달개비, 부수식물인 마름, 개구리밥, 침수식물인 말, 물질경이 등이 흔하게 자라고 있다. 소규모 하천이나 강가에는 버드나무, 능수버들이 자라고, 마을 주변에는 밤나무, 아까시나무, 미루나무, 포플라 등이 분포한다.

가내(家內)식물로는 감나무, 밤나무와 앵두나무, 복숭아나무, 살구나무 등이 많이 식재되고 있으며 대개 울타리에는 두릅나무, 개나리, 향나무 등을 심는다. 마을의 중심이나 어귀에는 고목나무라 불리는 느티나무가 한두 그루씩 식재되어 있고, 대추나무도 흔하게 발견된다. 아울러 여주의 주요 농산물인 여주쌀, 고구마, 땅콩, 참외, 여주배, 표고버섯 등도 활발히 재배되고 있다.