여주는 3개의 동과 1개의 읍 그리고 8개의 면으로 구성되어 있으며 자연촌락수는 모두 402개이다. 자연촌락수가 가장 많은 면은 대신면으로 70개 촌락이고, 그다음으로 북내면(63개), 흥천면(50개) 순이고 산북면은 16개로 가장 적다. 여주읍은 고구려시대(475)에는 골내근현(骨乃斤縣)에 속하였고, 신라 35대 경덕왕(757) 때는 기천이라 하였다. 그리고 고려 25대 충렬왕(1305) 때에는 여흥이라 하였으며, 조선 태조(1401) 때에는 여주였고, 그 후 주내면이라 하다가 1938년에 여주면이라 개칭하고 1941년에 여주읍으로 승격하였다. 2013년 여주군이 여주시로 승격되면서 여주읍은 폐지되고, 여흥동, 중앙동, 오학동 등 3개의 행정동으로 개편되었다.

점동면은 신라시대에 지금의 충청북도로 예속되었고, 고려시대에는 양강도에 편입되었다가 1895년 갑오경장 당시에는 충주부에 속하여 근동면과 점량면으로 나누어졌고, 1896년 지금의 경기도에 편입되었으며, 1914년 행정구역 개편으로 근동면 일부와 점량면이 통합되어 오늘의 점동면이 되었다.

가남읍은 원래 가서·소개·근남면의 3개 면을 1914년 4월에 통합하여 가남면이라 칭하고, 같은 해 11월 동리 폐합 때에 지역의 일부를 능서면으로부터 이속하고, 또 일부를 이천시 부발읍으로 편입시키는 한편, 이천시 설성면과 일부지역을 교환하여 종래 행정리 37개, 법정리 20개로 변경하여 오늘에 이르게 되었다.

능서면은 고려 말(1200년경) 한강유역 마을인 현재 흥천면 상백리로부터 귀백리와 효지리를 거쳐 가남면과 이천을 경유하는 역마소(驛馬所)가 있었으며 이를 말마당이라고 불렀다. 고종 32년(1895) 한강 주변을 수계면(首界面), 양화천 주변을 길천면(吉川面)이라 칭하였으며 1924년 3월 1일 부령(府令) 제111호로 부군면(府郡面) 폐합시 수계면과 길천면 13개 리를 합하여 능서면이라 칭하게 되었다.

흥천면은 1914년 3월 흥천면과 길천면 일부를 병합하여 흥천면으로 개칭하였고, 1928년 11월 이천시 부발읍, 백사면 일부를 통폐합하여 15개 리로 형성되었으며, 1974년 1월에 1972년 수해로 양촌리를 대신면 보통리로 이주 편입시켰다. 그리고 1987년 1월 흥천면 양촌리를 대신면 보통리로 행정구역을 개편하였다.

금사면은 백제 때 성지매현(省知買縣)으로 고구려 장수왕 63년(476) 술천군 골내근현으로 칭하였다. 신라 태종 무열왕 7년(660) 술천성(述川城)으로 칭하였다. 그리고 신라 경덕왕 16년(757) 기천군(沂川郡), 고려 태조 23년 천령현(川寧縣)으로 개칭하고, 조선 예종 원년(1469) 여흥군(驪興郡)에 편입되었다. 1914년 행정구역 개편시 여주군 금사면으로 개칭하고, 1971년 4월 12일 산북(山北)출장소를 개소하였으며, 1989년 4월 1일 산북출장소를 분면하였다.

산북면은 고구려 장수왕(475년) 때에 골내근현에 예속되었고, 신라 경덕왕 때에는 기천영현에 예속되었으며, 조선 예종 원년(1469) 여흥군에 편입되었다. 1941년 행정구역 개편시 금사면으로 개편되고, 1971년 4월 12일 금사면 산북출장소가 개소되었으며, 1989년 4월 1일 여주군 조례 1160호에 의거 산북면으로 승격하였다.

대신면은 1914년 4월 대송면과 등신면을 합병하여 대신면이라 개칭한 후 1914년 11월 행정구역 개편 때에 대신면 곡수리를 양평군 지제면에, 양평군 지제면 수곡리를 대신면 계림리로 편입하였으며, 1972년 8월 대홍수로 흥천면 양촌리를 대신면 보통3리(60세대)로 편입시키고, 1987년 1월 1일 흥천면 양촌리를 대신면 양촌리로 편입하였다. 그리고 1996년 1월 1일 대신면 양촌리를 행정리로 신설하였다.

북내면은 고려 현종 9년(1018) 원주에 속하였으며, 1464년(세조 10)에는 일부 지역이 여주읍에, 또 일부 지역은 원주군에 편입되었다. 1914년 강원도 원주군 지내면을 병합하고 강천면 가정리를 편입하여 북면에서 북내면으로 개칭하였고, 1992년 3월 2일 오학출장소를 개소하였다. 오학출장소는 1992년 북내면에 설치되었다가 2007년 여주읍으로 편입되어 천송리·오학리·현암리·오금리의 4개 법정리를 관할하였다. 2013년 여주군이 여주시로 승격될 때 오학동의 행정동이 신설되고 천송리, 오학리, 현암리, 오금리가 각각 천송동, 오학동, 현암동, 오금동으로 명칭이 변경되면서 관내로 편입되었다.

강천면은 본래 강원도 원주군 관할로 1906년 행정구역 개편에 따라 여주군에 편입되었다. 1924년 읍·면 행정구역 재조정으로 18리를 20개 리로 개편하고, 1915년 1월 6일 원주군 부론면 일부를 대둔리에 편입시켰다. 1955년 11월 30일 면사무소를 이호리에서 간매리로 이전하고, 1995년 3월 1일 행정구역 개편에 따라 대둔리를 원주시 문막읍으로 편입시키고, 19개 리로 개편하였다.

다음으로 여주의 기능체 분포를 보면 모두 5,349개가 분포하고 있는데, 기능수가 가장 많은 업종은 도·소매업(기능체수의 29.2%)이고, 그 다음은 숙박 및 음식점업(27.2%)으로 이들 두 업종이 전체 기능수의 56.4%로 반 이상을 차지하고 있다. 기능체의 지역적 분포를 보면 여주읍에 전체 기능체수의 52.5%가 입지하여 가장 많고, 그다음으로 가남읍(11.2%), 북내면(10.4%)순으로 기능상으로 보아 여주읍은 여주에서 제1계층에 속하고, 가남읍, 북내면이 제2계층에, 나머지 면들은 제3계층에 속하여 여주의 읍·면·동은 3계층으로 구성되어 있다는 것을 알 수 있다.